免疫肽組是指對有核細胞在參與抗原呈遞途徑中的MHC I類或II類蛋白質(zhì)上呈遞的多肽的研究，該技術(shù)對于探究細胞介導(dǎo)和體液反應(yīng)介導(dǎo)的免疫原性表位具有至關(guān)重要的作用，北京青蓮百奧生物科技有限公司可提供該技術(shù)。
通過MHC抗體富集MHC及其結(jié)合肽，使用高深度質(zhì)譜儀tims TOF HT進行檢測。隨后采用Deep novo深度測序技術(shù)，通過連續(xù)迭代預(yù)測氨基酸，從而從串聯(lián)質(zhì)譜（MS/MS）數(shù)據(jù)中重建多肽序列。不需要序列數(shù)據(jù)庫，因此可以從質(zhì)譜數(shù)據(jù)中預(yù)測未知多肽的氨基酸序列，有助于發(fā)現(xiàn)新抗原、開發(fā)疫苗以及推進癌癥免疫治療。
鑒定與病原體相關(guān)的多肽抗原，現(xiàn)疫苗的候選目標(biāo)，設(shè)計和開發(fā)更有效的疫苗
研究腫瘤免疫肽組在腫瘤進展過程中的變化，幫助理解腫瘤與免疫系統(tǒng)的相互作用
血液HLA作為標(biāo)志物，在預(yù)測疾病風(fēng)險、指導(dǎo)治療、提高治療效果等方面發(fā)揮著關(guān)鍵作用
國內(nèi)首裝高分辨率的timsTOF HT質(zhì)譜儀整合了第四代超高離子容量的TIMS-XR分析器和更先進的數(shù)字轉(zhuǎn)換技術(shù)。新的設(shè)計為無與倫比的蛋白質(zhì)組學(xué)分析深度和高通量定量分析提供了更寬的動態(tài)范圍。能夠在細胞和組織的定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析中，實現(xiàn)更高的蛋白覆蓋深度。
Deep Novo是一種基于深度學(xué)習(xí)的從頭測序算法，通過連續(xù)迭代預(yù)測氨基酸從而預(yù)測MS/MS掃描的肽段。在每一步，Deep Novo預(yù)測下一個氨基酸和它的分數(shù)。得分代表某個特定氨基酸出現(xiàn)在氨基酸測序內(nèi)某個位置的概率。然后計算預(yù)測肽的得分作為其氨基酸得分的平均值。這種新工具可以提高氨基酸和其水平的準(zhǔn)確性。
分析內(nèi)容能夠?qū)⑿滦螂亩螠y序結(jié)果與數(shù)據(jù)庫搜索結(jié)果相結(jié)合。新序肽段序列與蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫條目對齊，提供有關(guān)翻譯后修飾、突變、同源肽段和新肽段的額外信息。
基于免疫親和力純化以及高效液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用（HPLC-MS/MS）的方法，通過大規(guī)模免疫肽組學(xué)能揭示人類蛋白質(zhì)組中的熱點區(qū)域，這類熱點區(qū)域與肽表位有更好的識別與結(jié)合能力，包括識別突變衍生的新表位，從而治療基因突變性腫瘤，實現(xiàn)個體化精準(zhǔn)治療。
發(fā)表期刊：Emerging Microbes & Infections
影響因子：8.4
發(fā)表單位：德國圖賓根大學(xué)
發(fā)表時間：2024.02.08
發(fā)表期刊：Nature Communications
影響因子：14.7
發(fā)表單位：芬蘭赫爾辛基大學(xué)藥學(xué)院
發(fā)表時間：2023.11.03
| 內(nèi)容 | 種屬 | 樣本類型 |
| HLA分型 | 人和鼠（MHC-I型） | 骨髓或者外周血：體積≥2 mL，白細胞計數(shù)(3.50～9.50)×10^9/L；EDTA或枸櫞酸鈉抗凝，不可用肝素抗凝劑。 |
| 免疫肽組分析 | 人和鼠（MHC-I型） | 細胞：2*108; 組織：200mg |
生物肽組學(xué)的主要研究過程包括樣本中多肽的提取與富集、多肽的鑒定、定量和生物信息學(xué)分析。
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直接對蛋白質(zhì)酶解產(chǎn)生的肽段進行檢測，通過比較不同樣品中相應(yīng)肽段的信號強度對肽段對應(yīng)的蛋白質(zhì)進行相對定量
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數(shù)據(jù)非依賴性采集（DIA）方法不依賴信號強度進行母離子挑選，能夠覆蓋更多低豐度蛋白質(zhì)
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