打開kegg pathway
通路網(wǎng)址http://www.kegg.jp/kegg/pathway.html，尋找??感興趣的通路，找到?類中的某些通路后，然后在我們的KEGG富集結(jié)果中搜索通路編號。（例：map04213通路是Longevity
regulating pathway），點(diǎn)開相應(yīng)?較對的??版展?結(jié)果，點(diǎn)擊相應(yīng)通路詳細(xì)查看。
?先unique peptide在不同情況下有兩種不同的含義：?種情況指?于定性的unique peptide，第?種情況則是指?于定量的unique peptide。
定性的unique peptide的數(shù)量≥定量的unique peptide數(shù)量。
簡單來說，肯定是檢測到的蛋?質(zhì)的（定性）unique peptide越多，蛋?質(zhì)可信度越?。早些年的發(fā)表?章?般會認(rèn)為unique peptide≥2的數(shù)據(jù)是可信的蛋?質(zhì)定性數(shù)據(jù)。但是隨著現(xiàn)在質(zhì)譜儀精度和分辨率的提?，對應(yīng)?精度質(zhì)譜儀(如Q-Exactive，AB5600等等)產(chǎn)?的數(shù)據(jù)，像MCP或者JPR這類蛋?質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域最好的雜志，也明確表?認(rèn)可unique peptide=1且對應(yīng)圖譜質(zhì)量較?的數(shù)據(jù)，只是根據(jù)雜志的不同要求需要提交不同格式的圖譜數(shù)據(jù)。如MCP要求最?，需要提交質(zhì)譜原始?件，查庫結(jié)果?件，而且需要通過專?的軟件提交（如Pride,ProteomeXchange）；JPR要求相對MCP低些，?般提供?章或附件列表中出現(xiàn)的所有鑒定差異蛋?質(zhì)的unique peptide=1的肽段圖譜即可。
另???，對于定量unique peptide的數(shù)量，?章?般都沒有要求?？梢岳斫獾氖牵瑢τ谥挥?段肽定量?個(gè)蛋?質(zhì)的情況，蛋?質(zhì)定量結(jié)果的準(zhǔn)確性和可靠性會相對較低。通常情況下，通過設(shè)置?物學(xué)或者技術(shù)重復(fù)實(shí)驗(yàn)，根據(jù)蛋?質(zhì)定量數(shù)據(jù)的平均值和統(tǒng)計(jì)學(xué)p value值可以獲得準(zhǔn)確度和可信度較?的蛋?質(zhì)定量結(jié)果。純粹的?次質(zhì)譜?為則不能反映其定量準(zhǔn)確性。
UniPort數(shù)據(jù)庫是動態(tài)更新的，其中存在的?些重復(fù)、冗余、有誤的數(shù)據(jù)會被不斷地糾正和刪除。標(biāo)注為Obsolete的蛋白質(zhì)，?般是通過測序結(jié)果直接翻譯?來，先存放在TrEMBL里，注釋信息不全，甚?這個(gè)蛋?是否存在也不確定。經(jīng)過人工校驗(yàn)和注解后，?部分不存在的蛋?質(zhì)會被刪除，狀態(tài)顯?為Obsolete（如F1MYU3這個(gè)蛋? 已經(jīng)從數(shù)據(jù)庫中刪除了），?部分經(jīng)過注釋后會被移到SwisspProt，或者這個(gè)蛋?質(zhì)已經(jīng)在數(shù)據(jù)庫中存在了，就和已存在的合并，顯?為Replaced。這些蛋?質(zhì)可以通過對應(yīng)??中的“history…”追蹤到數(shù)據(jù)庫中該蛋?質(zhì)信息的更新過程。
這種情況是可能存在的，許多斷裂基因在其轉(zhuǎn)錄本剪接中，通過不同的剪接?式從?個(gè)基因產(chǎn)?多種不同的多肽或蛋?質(zhì)。生物體通過這種選擇性剪接(alternative splicing)來調(diào)控基因的表達(dá)，產(chǎn)?不同的蛋?質(zhì)以適應(yīng)不同的環(huán)境需要。例如：?類2萬個(gè)基因，編碼20萬個(gè)蛋? 。
不同數(shù)據(jù)庫有不同的命名方式及特征，現(xiàn)在較常用的UniProt數(shù)據(jù)庫（www.uniprot.org）的命名格式如下：
tr|W6NF68|W6NF68_HAECO DNA RNA he licase domain containing protein OS=Haemonchus contortus GN=HCO I _01691200 PE=4 SV=1，代表的意義為tr=TrEMBL（UniProtKB中包含兩類數(shù)據(jù)庫：Swiss-Prot，which is manually annotated and reviewed；TrEMBL，which is automatically annotated and is not reviewed.），W6NF68為蛋?質(zhì)登錄號，HAECO DNA RNA helicase domain containing protein 為蛋?質(zhì)名稱及其描述 ，OS= Organism Name（物種名稱），GN=Gene Name(基因名稱)，PE=Protein Existence ，SV=Sequence Version。 In UniProtKB there are 5 types of evidence for the existence of a protein:
1. Experimental evidence at protein level
2. Experimental evidence at transcript level
3. Protein inferred from homology
4. Protein predicted
5. Protein uncertain
我們在蛋?數(shù)據(jù)庫鑒定蛋?以及GO、COG、KEGG等注釋蛋?都是根據(jù)其蛋?序列?對的結(jié)果。要查 看其他信息，打開Uniprot?站，輸?該蛋?ID，即可看到該蛋?的名稱，特性，涉及通路等信息。其他數(shù)據(jù)庫的可以NR注釋。
質(zhì)譜定量與western定量原理本?不同，所以最終鑒定結(jié)果有差異是屬于正?，F(xiàn)象；另外對于豐度較低的蛋白，質(zhì)譜鑒定的靈敏度會降低，容易出現(xiàn)偏差；另外TMT產(chǎn)品屬于標(biāo)記定量，對不同樣本間蛋?的差異會有?定壓縮，所以差異不?的兩個(gè)樣本，如果采?TMT可能就會表現(xiàn)出?乎?差異；這也是為何發(fā)?章時(shí)為了增加數(shù)據(jù)的可靠性，都會增加實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的原因。
@2024北京青蓮百奧生物科技有限公司 京ICP備17052224號
