肽段?度分布：肽段過?或過短都?法在質(zhì)譜儀中被檢測到，肽段?度主要分布在7-25之間的數(shù)據(jù)屬于正常狀態(tài)；
母離子質(zhì)量容差分布：肽段?離?的實測分?量和理論分?量的質(zhì)量偏差分布在0附近，?部分小于10ppm，說明數(shù)據(jù)正常；
重復(fù)性CV分析：曲線上升越快說明樣本整體的重復(fù)性越好；?般標記定量：CV=20%時累計蛋?含量達到80%以上為正常狀態(tài)，?標定量CV=20%時累計蛋?含量達到60%以上為正常狀態(tài)。
同?個group的所有蛋?含有相同的肽段（鑒定到的肽段），選擇這些蛋白中總序列?度最?的蛋?作為這個group的代表，稱為master protein，而每?個group獨有的肽段，則稱為Unique肽段，“獨有肽段”是指該group相對于其他的group 來說所特有的肽段；
FDR指蛋?容錯率。數(shù)據(jù)庫檢索的時候?般都會?正庫（老師提供的數(shù)據(jù)庫）和反庫（數(shù)據(jù)庫序列完全顛倒）分別對數(shù)據(jù)進?檢索，然后對鑒定到的蛋?進?打分（數(shù)據(jù)庫?對的正確率），根據(jù)分值?低進?排序。當反庫鑒定到的蛋?數(shù)量超過5%的時候，剩余分值靠下的蛋?全部刪除。以保證我們鑒定到的蛋?可信度保持的95%，且分值較?。
不能。蛋?是經(jīng)過打斷成為6-25個氨基酸左右的肽段上質(zhì)譜的，根據(jù)所提供數(shù)據(jù)庫中理論打斷的肽段進??對得到的肽段序列，然后根據(jù)肽段序列對蛋?進?預(yù)測和定量。對于沒有比對上蛋?的這些打斷的肽段，軟件?動就會進?過濾，在搜庫結(jié)果中不會有任何呈現(xiàn)?？梢詤⒖唇Y(jié)果?件中的PSM?件，這些肽段都是可以比對的上數(shù)據(jù)庫的可信肽段。至于比不上蛋?的那部分肽段，也有可能是質(zhì)譜的精度不夠?qū)е孪到y(tǒng)判定不可信，實驗中我們會盡量避免這部分肽段的比例，所以這部分也不具單獨分析的價值。
Label free采??級譜圖進?定量，二級譜圖進?定性；iTRAQ/TMT：采??級譜圖定量和定性；DIA：?級譜圖定量和定性；
可能的原因如下：A、只檢測到了?于定性的肽段，?沒有檢測到可?于定量的唯?肽段，所以?定量數(shù)據(jù)。這種蛋?質(zhì)在附表?中顯示的unique peptide=0。
B、肽段被標記上而且被檢測到了，但是由于信號值太低，導(dǎo)致信號強度積分數(shù)據(jù)賦值為零。
結(jié)題報告中質(zhì)控報告部分的蛋?覆蓋度分布圖中的覆蓋度是指某?蛋?鑒定到的所有unique肽段的?度之和占該蛋?全?的?例，?unique肽段是指可以表征某?蛋?的特有的肽段，所以決定蛋白覆蓋 度??的因素有兩個：蛋白鑒定到的unique肽段?度之和、蛋?的全?；有些蛋?全?較短，當該蛋白的所有unique肽段都鑒定到了，其覆蓋度就會很?，也就說明該蛋?的可信度很?；?有些蛋?的全?很?，那么即便該蛋白的所有unique肽段都鑒定到了，其覆蓋度依然會較低，所以并不能說這個蛋?的可信度很低，舉例說明：蛋?A和蛋白B都有10個unique肽段，每個unique肽段?度均為10aa（10個氨基酸），蛋?A總?度是200aa，蛋?B總?度是1000aa，那么蛋?A和蛋?B都是可信度?常?的蛋白，只是蛋?A的覆蓋度=10*10aa/200aa=50% ，蛋白B的覆蓋度=10*10aa/1000aa=10%，所以蛋?覆蓋度只是?個參考因素，而不是絕對依據(jù)。
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