微生物組學 Microbiomics：是一門研究特定環(huán)境或生態(tài)系統(tǒng)中全部微生物（細菌、古細菌、低等或高等真核生物和病毒）及其遺傳信息的集合的學科。它包括了微生物與環(huán)境和宿主的相互作用，涵蓋了微生物的種類、功能、遺傳潛力等。
宏基因組學（Metagenomics）又名元基因組，鳥槍法宏基因組測序，繞過對微生物個體進行分離培養(yǎng)，應用基因組學技術(shù)對環(huán)境中全部微生物的群落組成及群落功能進行研究。
通過宏基因組學測序可以獲得微生物體系群落組成、微生物和宿主的相互作用、難分離培養(yǎng)菌株的基因組序列、不同處理對物種和基因的影響以及功能基因及其豐度信息。
研究菌群的組成、功能等與疾?。ㄈ缣悄虿 ⒎逝帧⒏哐獕海┲g的關(guān)系（糞便、腸道內(nèi)容物、胃內(nèi)容物、口腔微生物等）
不同營養(yǎng)狀態(tài)或免疫水平下微生物物種和功能差異（瘤胃液、腸道內(nèi)容物、糞便）
可再生生物資源里微生物組成及功能（活性污泥、深海樣本等）
不同地域和氣候下微生物物種和功能差異（土壤、根系、根內(nèi)生菌等）
發(fā)酵工程種微生物群落和功能發(fā)生的變化（酒糟、酸奶、培養(yǎng)菌群等）
環(huán)境治理過程中微生物的變化（污水、污泥、淤泥等）
百余種不同環(huán)境樣品，包括：糞便、腸道內(nèi)容物、飼料、長粘膜、酒曲、土壤、瘤胃液、植物內(nèi)生菌、牙菌斑、發(fā)酵液等
針對不同樣本類型，采用不同的提取方法，使用illumina原裝進口建庫試劑盒
定量嚴格，數(shù)據(jù)產(chǎn)出均一性優(yōu)
①基礎(chǔ)分析
②常規(guī)分析：物種組成、Alpha和Beta多樣性分析、基因預測及功能注釋、功能注釋豐度分析、物種注釋豐度分析
③高級分析：宏基因組關(guān)鍵生物標志物篩選
④個性化分析：VFDB病原菌毒力因子注釋、ARDB耐藥基因注釋、CARD抗性基因注釋等（宏基因組）
發(fā)表期刊：Cell Host Microbe
影響因子：20.6
發(fā)表單位：海交通大學醫(yī)學院附屬瑞金醫(yī)院
發(fā)表時間：2024.07.11
| 樣本類型 | 16S rRNA | 宏基因組 |
| 糞便 | 0.5g | 1g |
| 腸道內(nèi)容物 | 0.5g | 1g |
| 腸道組織 | 1g | 2g |
| 唾液 | 2-4mL | 5-10mL |
| 生殖道樣本 | 刮片3片 棉拭子 3份 | 刮片3片 棉拭子 3份 |
| 固體類食品 | 60g | 60g |
| 液體類食品 | 50mL | 50mL |
| 土壤 | 2-5g | 2-5g |
| 植物內(nèi)生菌 | ≥20個貼片、卷片組織 ≥1.5g石蠟塊 | ≥20個貼片、卷片組織 ≥1.5g石蠟塊 |
| 水樣濾膜 | 直徑3-5cm，3-5張 | 直徑3-5cm，3-5張 |
@2024北京青蓮百奧生物科技有限公司 京ICP備17052224號
