1）先進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究，將轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)翻譯成蛋?作為蛋?質(zhì)組學(xué)分析的理論數(shù)據(jù)庫。基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的蛋?質(zhì)組學(xué)分析得到的蛋?數(shù)據(jù)更加全?。
2）來源于近緣物種的數(shù)據(jù)庫，需要評估近緣物種的數(shù)據(jù)庫全面程度，以及近源程度。
3）通過基因組數(shù)據(jù)得到蛋?質(zhì)組數(shù)據(jù)庫，由基因到轉(zhuǎn)錄，再由轉(zhuǎn)錄?蛋?中間既涉及不同的RNA可變剪切?涉及到蛋?的不同裝配，過程比較復(fù)雜，以此得到的的蛋?序列可信度較低,且耗時長、費(fèi)?高。
定量蛋?質(zhì)組學(xué)主要是?于篩查和尋找任何因素引起的樣本間的差異表達(dá)蛋白，進(jìn)而對?物學(xué)功能或機(jī)理改變進(jìn)?闡釋。因而如果您的研究關(guān)注的是處理組與對照組、健康組與患病組、突變組與對照組，或者不同發(fā)育時期或疾病發(fā)展階段的蛋?質(zhì)改變，可以選擇定量蛋?質(zhì)組學(xué)進(jìn)?研究。
目前來說，用的最多的是UniProt KB（Universal Protein），是信息最豐富、資源最?的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫。他的數(shù)據(jù)主要來?于基因組測序項(xiàng)?完成后，后續(xù)獲得的蛋?質(zhì)序列，每?個蛋白對應(yīng)?個唯?ID，同時包含了?量來自?獻(xiàn)的蛋?質(zhì)的生物功能的信息。
其次是美國的NCBI Genebank，從公共資源中獲取序列數(shù)據(jù)，主要是科研?員直接提供或來源于大規(guī)?；蚪M測序計(jì)劃。Gene Bank數(shù)據(jù)庫同?蛋?會有多種不同形式的ID，另外是注釋信息較少。
?般情況優(yōu)先推薦使?Uniprot，當(dāng)研究物種在Uniprot收錄蛋白較少時可使?Gene Bank數(shù)據(jù)庫或其他數(shù)據(jù)庫。
Label-free較可?于差異較?的樣本（不同物種、不同組織部位），對儀器穩(wěn)定性要求較?。
iTRAQ和TMT較適?于同?物種同?組織類型的樣本，是“共有”蛋?比較，穩(wěn)定性重復(fù)性好，同?次實(shí)驗(yàn)受樣本個數(shù)限制。
DIA較適?于?規(guī)模樣本研究，穩(wěn)定性好，不受樣本個數(shù)限制，需要預(yù)先建?library。
外泌體是包含了復(fù)雜RNA和蛋白質(zhì)的小膜泡(30-150nm)，現(xiàn)今，其特指直徑在40-100nm的盤狀囊泡。所有培養(yǎng)的細(xì)胞類型均可分泌外泌體，且外泌體天然存在于體液中，包括血液、唾液、尿液、腦脊液和乳汁中。
外泌體在分泌細(xì)胞和受體細(xì)胞間的穿梭介導(dǎo)了細(xì)胞間的?物分子傳遞，是不同組織細(xì)胞間信息溝通的重要媒介，外泌體通過攜帶來自分泌細(xì)胞的多種RNA，蛋?和脂成分，參與?譜的?理和病理過程，包括炎癥反應(yīng)、腫瘤轉(zhuǎn)移、心血管疾病等。 隨著蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)的快速更新 ，外泌體特異蛋?質(zhì)的研究將具有巨?的前景。
宏蛋白組可以與宏基因組、宏轉(zhuǎn)錄組和宏代謝組聯(lián)合分析。多組學(xué)的方法能夠使?們解釋基本的?物學(xué)問題，如樣本中都有哪些物種組成（宏基因組），哪些基因表達(dá)為mRNA（宏轉(zhuǎn)錄組），哪些mRNA進(jìn)?步翻譯為蛋白（宏蛋白組），在特定條件下哪些參與代謝的物種存在或者代謝物質(zhì)的波動情況（宏代謝組）。這些方法的結(jié)合可以提供豐富的信息并可以?來進(jìn)?表型模型的預(yù)防。
宏蛋?組學(xué)是應(yīng)?蛋?組學(xué)技術(shù)對微?物群落進(jìn)?研究的?項(xiàng)新技術(shù)，在特定時間對微?物群落的所有蛋白組的組成進(jìn)行大規(guī)模的鑒定。
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