TMT試劑標(biāo)簽之間的質(zhì)量差額在0.006Da左右，需要質(zhì)譜?級(jí)分辨率在50K以上才能準(zhǔn)確分辨出不同的報(bào)告離?，因此只有在?分辨質(zhì)譜儀上才能完成標(biāo)記定量實(shí)驗(yàn)。主流儀器有Thermo fisher QE系列質(zhì)譜儀、fusion系列質(zhì)譜儀、AB sciex QTOF系列質(zhì)譜儀。
通過(guò)不同分?量的實(shí)際對(duì)不同來(lái)源樣品進(jìn)?標(biāo)記的?式，實(shí)現(xiàn)不同樣品間蛋?質(zhì)組?較的?標(biāo)，兩種?法都?次性完成（iTRAQ 8個(gè)/TMT 16個(gè)）全部樣品的定性定量分析，降低了實(shí)驗(yàn)誤差，排除儀器造成的樣本間差異，穩(wěn)定性更?，操作簡(jiǎn)單，數(shù)據(jù)分析流程簡(jiǎn)單，適?于所有物種蛋?的定量分析。
TMT（Tandem Mass Tag）和iTRAQ(isobaric tags for relative and absolute quantitation)技術(shù)分別是由美國(guó)Thermo公司和AB SCIEX公司研發(fā)的多肽體外標(biāo)記定量技術(shù)，是?前運(yùn)?最?泛的兩種標(biāo)記定量蛋?質(zhì)組技術(shù)，具有相似的原理。兩主要區(qū)別在于：TMT最?可同時(shí)標(biāo)記16組不同的?物樣品，iTRAQ最?可同時(shí)標(biāo)記8組不同的?物樣品。
A、使?不同的標(biāo)記試劑對(duì)不?的樣本進(jìn)?標(biāo)記，使肽段上帶上不同的標(biāo)簽，但是總質(zhì)量保持?致，因此不同樣本中的同?肽段的理化性質(zhì)是?致的，在同?個(gè)保留時(shí)間流出。
B、在?級(jí)質(zhì)譜中，標(biāo)記試劑和肽段間的化學(xué)鍵發(fā)?斷裂，報(bào)告離?峰被質(zhì)譜采集到，報(bào)告離?的峰?積即能反映出某肽段在當(dāng)前樣本的含量，因此通過(guò)?較不同報(bào)告離?的峰?積就能找到某個(gè)肽段在不?樣本中的表達(dá)差異。
Thermo Scientific串聯(lián)質(zhì)譜標(biāo)簽試劑Tandem Mass Tag（TMT）reagents），專為通過(guò)串聯(lián)質(zhì)譜（MS）對(duì)不同樣品中的蛋?質(zhì)進(jìn)?鑒定和定量?設(shè)計(jì)。?組標(biāo)簽試劑?的所有標(biāo)簽，均帶有相同的質(zhì)量（例如：同質(zhì)），化學(xué)結(jié)構(gòu)則由?個(gè)胺反應(yīng)性的NHS酯基團(tuán)，間隔臂（質(zhì)量調(diào)整區(qū)）和質(zhì)量報(bào)告基團(tuán)（圖1）組成。
相對(duì)和絕對(duì)定量同位素標(biāo)記（isobaric tags for relative and absolute quantitation，iTRAQ）技術(shù)是美國(guó)應(yīng)??物系統(tǒng)公司與2004年推出的?種蛋?組定量分析技術(shù)。iTRAQ包括三部分：報(bào)告基團(tuán)（reporter group），平衡基團(tuán)（balance group），肽反應(yīng)基團(tuán)（peptide reactive group）。報(bào)告基團(tuán)（reporter group）：質(zhì)量分別為113.1Da、114.1Da、115.1Da、116.1Da、117.1Da、118.1Da、119.1Da、121.1Da。平衡基團(tuán)（balance group）：質(zhì)量分別為192Da、191Da、190Da、189Da、188Da、187Da、186Da、184Da，使得四種iTRAQ試劑報(bào)告基團(tuán)和平衡分?的總分?量均為305.1Da，?論使?哪種iTRAQ試劑，不同同位素標(biāo)記同?肽段后在?級(jí)質(zhì)譜中，分?量完全相同，呈現(xiàn)的都是同?峰值。肽反應(yīng)基團(tuán)（peptidereactive group）：將reporter group與肽N端及賴氨酸側(cè)鏈連接，從?將報(bào)告基團(tuán)和平衡基團(tuán)標(biāo)記到肽段上，?乎可以標(biāo)記樣本中所有蛋?質(zhì)。
蛋?質(zhì)?標(biāo)記定量技術(shù)（Label-Free）是?需使?同位素標(biāo)簽的，只需分析?規(guī)模鑒定蛋?質(zhì)時(shí)所產(chǎn)?的質(zhì)譜數(shù)據(jù)，?較不同樣品中相應(yīng)肽段的信號(hào)強(qiáng)度，從?對(duì)肽段對(duì)應(yīng)的蛋?質(zhì)進(jìn)?相對(duì)定量。Label-Free的技術(shù)優(yōu)勢(shì)就在于蛋?質(zhì)不需要進(jìn)?標(biāo)記，所需 樣品總量少 ，耗費(fèi)低。?樣本數(shù)量限制 ，但是建議多次（三次以上） 重復(fù)。
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