因?yàn)闃?biāo)記類產(chǎn)品（iTRAQ、TMT）本?試劑特點(diǎn)，樣本實(shí)際的差異倍數(shù)會(huì)有壓縮現(xiàn)象。因此差異倍數(shù)?般在1.2，就可以說明有差異?夠明顯，而對(duì)于非標(biāo)記類的產(chǎn)品如labelfree、DIA,?般差異倍數(shù)要達(dá)到1.5才能說明問題。
iTRAQ/TMT是混樣上機(jī)的，數(shù)據(jù)質(zhì)控是以run（即開始分的餾分）為單位分析。獲得的總蛋?是所有上機(jī)樣本的共有蛋?。所以沒有辦法再單獨(dú)分析。
這主要是由于iTRAQ/TMT的技術(shù)特點(diǎn)所決定的。標(biāo)記定量的數(shù)據(jù)分析都是基于共有蛋?進(jìn)行的，特有蛋白會(huì)被過濾掉，無法進(jìn)?后?數(shù)據(jù)分析，因此不能?于差異較?的物種或樣本。
設(shè)置內(nèi)參通道是為了保證校正不同run之間信號(hào)和儀器狀態(tài)差異，減?系統(tǒng)誤差，從?使得不同run的樣本能夠?起進(jìn)?數(shù)據(jù)分析。mix樣本是用所有需要?起進(jìn)?數(shù)據(jù)分析的樣本混合物。
同?批上機(jī)的樣本必須是相同物種、相同組織類型才能?批上機(jī)和?起分析。搜庫時(shí)是鑒定其共有蛋?，差異分析也是共有蛋?在定量值上的差異倍數(shù)FC。如果選擇不同樣本類型的樣本，他們的特異性蛋?就會(huì)被過濾掉。
iTRAQ&TMT適?于相同組織的相對(duì)定量分析，不能進(jìn)?有或?的鑒定，不能將不同的組織部位?起標(biāo)記上機(jī)，更不能將不?物種的樣本?起上機(jī)；對(duì)蛋?總量需求較LFQ要?，100ug以上。
蛋?質(zhì)提取，出具蛋?質(zhì)控報(bào)告，反饋客戶，肽段酶解，多肽標(biāo)記，HPLC分餾分，質(zhì)譜數(shù)據(jù)采集，數(shù)據(jù)分析出具結(jié)題報(bào)告。
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