DIA的全掃描?式獲得的數(shù)據(jù)過于復雜，其每張二級譜圖中混合了來?于多個一級信號的信息，通常難以直接進?理論庫匹配。?般需要先構(gòu)建圖譜library，然后利?該library對DIA數(shù)據(jù)進行?效、準確地解析。目前spectronaut14版本?持DIA數(shù)據(jù)直接搜庫，檢出數(shù)據(jù)相對較少，最佳實驗策略仍然推薦建立DDA數(shù)據(jù)庫 后再進?DIA分析。
DIA是?種全掃描技術(shù)，是將質(zhì)譜整個全掃描范圍分為若干個窗?，高速、循環(huán)地對每個窗?中所有離?進?選擇、碎裂及檢測，從?無遺漏、?差異地獲得樣本中所有離?的全部碎?信息。因此DIA在獲得更?覆蓋度信息的前提下，還盡可能減少?豐度蛋白對質(zhì)譜掃描的影響。
western blot檢測是將?的蛋?質(zhì)信號放?很多級之后進行檢測的，靈敏度很?，（除?特異性結(jié)合之外）專?性強，特異性檢測?標蛋?，幾乎不受復雜樣品中背景蛋?質(zhì)豐度的影響。對于純蛋?質(zhì)樣品 ，質(zhì)譜檢測的靈敏度達fmol水平。但在復雜樣品中，質(zhì)譜不是專?性檢測的，而是選擇樣品中豐度較?的蛋?質(zhì)優(yōu)先檢測，?豐度較低的蛋?質(zhì)則因為肽段信號過弱被淹沒?不能被檢測到。因此，如果樣品中待檢測的?標蛋?質(zhì)豐度較低（或者蛋白質(zhì)分?量較小），即使WB能夠檢測到，質(zhì)譜并不?定能檢測到。
可以從以下?個??考慮：
A、選擇驗證的?標是否合理，實驗是否具有重復性和可靠性；
B、蛋?修飾?平的驗證是否具有時效性；
不同階段如基因?平到蛋?質(zhì)?平的驗證可能會有表達差異；?規(guī)模數(shù)據(jù)的篩選會存在?定的假陽性。
驗證?法很多，如Western blot、ELISA、PRM(平?反應(yīng)監(jiān)測)，該?法是基于靶向的蛋?質(zhì)組學，研究特定蛋?的表達變化。也可以?代謝組學，基因組學等多組學互相驗證。
?規(guī)模的組學數(shù)據(jù)需要后期具體的驗證實驗，以?持組學數(shù)據(jù)和結(jié)論的可信度、說服力，也可以進?步提供?章發(fā)表的檔次。可以從如下?個??進?選擇：
a)研究相關(guān)的?獻報道，已知與該研究課題密切相關(guān)的蛋?質(zhì)進行進?步的研究；
b)優(yōu)先挑選蛋?質(zhì)組學定量差異倍數(shù)較?的蛋?進?研究；
c)挑選鑒定到的差異蛋?中unique peptide數(shù)量相對多的蛋?進?研究（unique peptide數(shù)量越多，可信度越?）；
d)挑選組間平行性好的，表達趨勢?致的蛋?進?進?步研究（趨勢越?致，說明蛋?變化越可信）；
e)結(jié)合功能分析或通路分析（?物信息學的分析范疇），篩選得到的有意義的蛋?進?研究。
不可以，有如下幾個原因：
iTRAQ實驗結(jié)果使?的是Proteome Discoverer軟件搜庫，該軟件的算法分析對于極?和極?值均會賦值；
A.對于蛋?的定量，軟件采?的是肽段?平合并檢測，很難排除其他相似離子干擾；
B.少量?定量值的蛋?可能是沒有檢測到唯?肽段，或者是報告離子峰太低，并不能說明沒有該蛋白。
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