IF=20+！青蓮百奧BioLadder頂刊登錄——使用人次突破百萬的蛋白質(zhì)組學(xué)生信云平臺

一臺高配電腦

配置操作環(huán)境

安裝分析軟件

下載專業(yè)數(shù)據(jù)庫

然后......

努力做只萬能的程序猿，寫得了代碼，改得起B(yǎng)UG，忍得住黑白屏。

您能欣然接受并勝任這樣的生活嗎？

如果不，那就毫不猶豫的吃下這顆安利吧。

這可是生信分析界的驚天秘密，一般人我不告訴他?。。?/p>

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青蓮百奧BioLadder生信分析云平臺見刊iMeta（IF=23.7）

駕著七彩祥云而來

帶著生信分析不求人的使命

與您攜手開啟輕松加愉快的生信分析之旅

下面就和小青蓮一起看看這份發(fā)表在頂刊的“生信寶典”

助力您實(shí)現(xiàn)“分析自由”的靈魂

BioLadder概述

BioLadder是北京青蓮百奧生物科技有限公司自主研發(fā)的為蛋白質(zhì)組學(xué)研究設(shè)計(jì)的在線數(shù)據(jù)分析平臺，包括3類實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)分析模塊和4類常規(guī)數(shù)據(jù)分析模塊，為客戶提供一站式數(shù)據(jù)可視化分析、生物學(xué)意義挖掘服務(wù)。平臺提供多款一鍵化生信分析流程和超實(shí)用的分析工具。

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截至2024年6月20日，青蓮百奧BioLadder云平臺使用人次突破100w啦?。?！

蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)流程化分析工具上線

BioLadder中包含的分析模塊可以分為兩大類（圖1）：

實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)分析：涉及蛋白質(zhì)組學(xué)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的分析，包括實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)分析、表達(dá)矩陣數(shù)據(jù)分析等（圖1：C1-C3）；
常規(guī)數(shù)據(jù)分析：不依賴于蛋白質(zhì)組學(xué)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的分析，包括蛋白質(zhì)序列分析以及一些通用的分類和功能分析等（圖1：C4-C7）。

這些分析模塊可以滿足蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域研究人員的大部分?jǐn)?shù)據(jù)分析需求。

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圖 1. BioLadder在蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析框架中的模塊類別

數(shù)據(jù)可視化模塊滿足蛋白質(zhì)組學(xué)研究需求

為了滿足蛋白質(zhì)組學(xué)研究的需求，BioLadder開發(fā)了幾種蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)可視化模塊：

表1：每個(gè)新開發(fā)模塊應(yīng)用范疇

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青蓮百奧相信這些蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)可視化模塊將滿足蛋白質(zhì)組學(xué)研究的需求，并為研究人員提供有價(jià)值的見解，幫助使用者分析數(shù)據(jù)更easy！

方便且人性化的設(shè)計(jì)滿足使用者多樣性需求

為了讓組學(xué)研究的用戶能夠以最方便、最高效的方式使用我們的在線分析平臺，BioLadder對各個(gè)環(huán)節(jié)進(jìn)行了精心設(shè)計(jì)，包括輸入文件格式（圖2A）、參數(shù)設(shè)置（圖2B）、配色方案（圖2C），同時(shí)提供幫助文檔、微信客服和實(shí)時(shí)工具提示，方便客戶訪問相關(guān)幫助信息（圖2D）。

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圖2 BioLadder 中的四種方便且人性化的設(shè)計(jì)

降低使用門檻，優(yōu)化數(shù)據(jù)上傳方式

BioLadder為不同類型的數(shù)據(jù)提供了轉(zhuǎn)換模塊（例如，長格式和寬格式之間的轉(zhuǎn)換），并設(shè)計(jì)了一些模塊直接支持常見的蛋白質(zhì)組學(xué)格式。此外，它還可以過濾掉某些最小定量值以下的數(shù)據(jù)，這有助于消除可能由噪聲引起的結(jié)果。

設(shè)置針對蛋白質(zhì)組學(xué)的專門默認(rèn)參數(shù)

為了滿足蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析的特定要求，BioLadder基于算法、數(shù)據(jù)預(yù)處理、數(shù)據(jù)展示過程中根據(jù)蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)的特點(diǎn)為一些模塊建立了合適的默認(rèn)參數(shù)，以盡可能減少參數(shù)調(diào)整的需求，同時(shí)為了滿足用戶偏好，BioLadder也選擇性的在部分個(gè)性化模塊中加入了易于調(diào)整的參數(shù)，使用戶能夠自定義他們的展示結(jié)果。

強(qiáng)大的配色方案，提升圖片顏值

對于分析圖片有顏值追求的朋友來說，不當(dāng)?shù)念伾M合可能會顯著降低可視化的有效性。BioLadder融合了來自R包或ggplot2（https://github.com/tidyverse/ggplot2）的默認(rèn)配色方案、Nature、Science和Lancet等文獻(xiàn)或期刊中常用的優(yōu)秀配色方案（ggsci: https://github.com/nanxstats/ggsci），滿足各種用戶需求，并允許用戶根據(jù)他們的偏好快速完成顏色自定義。