是的。
1)樣本制備中的問題:跑膠本?會有蛋?輕微的交叉污染，蛋?條帶的擴散等；質(zhì)譜檢測靈敏度很?，對于出現(xiàn)上述交叉污染的蛋?，即使含量較低，也會被檢測到；
2)測到的肽段匹配到蛋?上。由于不同的蛋?會出現(xiàn)部分序列相似的情況，那么該肽段同時也存在并可能匹配到其他蛋?上，所 以就會有?客戶?標分?量的蛋?。建議：由于客戶切割的蛋?為某?分?量范圍，所以該分?量范圍內(nèi)的蛋?含量是相對?較?的?？梢酝ㄟ^先對蛋?相對定量值進?排序(由?到?)，然后再按照此排序，找客?需要分?量范圍的蛋?。
對照組和處理組實驗設(shè)計是否有問題，基因敲除是否?凈，是否有補償調(diào)控等等；樣本跑膠時出現(xiàn)了不同程度的污染，泳道之間也會有殘留，此類污染到的蛋?定量值應(yīng)該偏低。
(1)pH值2-3的?氨酸buffer洗脫，?氧化還原反應(yīng)；
(2)加?loading buffer煮沸；
(3)小肽競爭結(jié)合，?般適?于標簽蛋?的IP富集。
合并搜庫：是指客?的樣本上機結(jié)束后，所有樣本的下機數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)進行合并搜庫，搜庫完成后，所有的樣本數(shù)據(jù)會展?在同一張表里，出?份結(jié)題報告；
優(yōu)點：數(shù)據(jù)合并搜庫，搜庫的定量數(shù)據(jù)均?性好，系統(tǒng)誤差小，便于客?將不同樣本進??較分析其的表達量情況；
缺點：所有的樣本數(shù)據(jù)會展?在同?張表?（鑒定結(jié)果及功能注釋結(jié)果都放在?起展?），不便于客?單獨查看每個樣本的蛋?情況，比如覆蓋度或者unique肽段情況（即數(shù)據(jù)不好拆）；
分開搜庫：是指客?的樣本上機結(jié)束后，所有樣本的下機數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)單獨搜庫，搜庫結(jié)束后，且會單獨出結(jié)題報告。不同的樣本的數(shù)據(jù)會放在不同的表中進?結(jié)果展?；
優(yōu)點：每個樣本都有??單獨的鑒定的結(jié)果?件，便于客?單獨查看每個樣本的蛋?情況；缺點：?法對不同的樣本進??較分析，因為分開搜庫的樣本數(shù)據(jù)之間?法對不同樣本進?均?化處理，無法放在?起分析；
建議：10個樣本以下分開搜庫；10個樣本以上的樣本合并搜庫，合并分析（節(jié)省?產(chǎn)成本）。
可以，若蛋?含量太低可以送多個膠條，但是膠條太?會增加實驗成本，需要額外收費。
質(zhì)譜的靈敏度?常?，實驗環(huán)境中會有?法避免蛋白的污染，當樣本中?標蛋?含量較低時雜質(zhì)蛋?就凸顯出來，通常為?蛋?污染，?般建議刪掉雜質(zhì)蛋白即可。
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